А кошка у вас есть ?
Три кошки и кот, в сарае караулят, а на улице сидят на крольчатнике всё время и ловят иногда, но не всех.......
Крольчихи могут и будут защищать свое гнездо от крыс ,тем более если было бы проникновение в клетку ,Вы бы сразу заметили это .Но у вас крольчата целехонькие ,пух есть в гнездах .Мне кажется здесь другая причина .Когда вы обнаружили мертвых крольчат ,они лежали в гнезде или были разбросаны по клетке ? Как далеко находится клетка самца от клеток где находились новорожденные ?